古代
早在史前時期，人類就開始積累治療疾病的經驗，形成了臨床醫學的雛形。古代中國在漫長的歷史中形成了獨特的傳統醫學臨床體系，詳見中醫學。
古埃及的埃伯斯紙草書文中記載了205種疾病，介紹了外科學的膿腫切開、淺表腫塊切除、包皮環切等手術，內科學的發汗、吐、泄、利尿、灌腸等療法。木乃伊的制作也涉及到高超的外科學知識。古印度的阿輸吠陀中記載了相當多的藥物和治療經驗，首次將醫學分為8科，《阇羅加集》和《妙聞集》分別是阿輸吠陀醫學的內科學和外科學名著。古希臘《希波克拉底文集》中記載了外科學關于骨折、脫臼、頭部損傷的治療方法。古羅馬的蓋倫在藥物治療方面也有成就。
在古代，基礎醫學與臨床醫學的分野并不明確，受客觀條件的限制，大多以經驗積累為主，缺乏科學、系統的期刊影響因子整理。
近代
17世紀的醫生西登哈姆提出：“與醫生最有直接關系的既非解剖學之實習，也非生理學之實驗，乃是被疾病所苦之患者，故醫生的任務首先要正確探明痛苦之本質，也就是應多觀察患者的情況，然后再研究解剖、生理等知識，以導出疾病之解釋和療法。”西登哈姆的呼吁獲得了人們的支持，醫生開始回到病人身邊，從事臨床觀察和研究。西登哈姆也被稱為“臨床醫學之父”。
18世紀，臨床教學興起。萊頓大學在醫院設立了臨床教學專用病床。臨床醫學家布爾哈夫充分利用教學病床展開床邊教學，通過編寫臨床醫學論文的方式記載，開創了臨床病理討論會的先河。
這一時期逐漸形成了生物醫學模式。這一模式將健康看作宿主、環境和病因三者的平衡。每一種疾病都能從器官、細胞、生物大分子上找到可測量的形態和（或）化學變化，確定生物的和（或）物理的病因，從而進行治療。
